Na razie zalecałbym ostrożność z czyszczeniem automatycznym rejestru przy pomocy softu. Zwłaszcza radykalnie czyszczącego jak np. jv16. Wiele programów może narobić bigosu.
Polecam ręczne czyszczenie lub coś lekkiego i delikatnego. Osobiście przetestowałem CCleanera i jest całkowicie bezpieczny.