A właśnie... czasem wielkość przycisków zamykania też ma wpływ na wielkość ikon w tray'u.
Miałem tak pod Vistą. W Windows 7 zmniejszyłem sobie rozmiar paska tytułowego okien do 19 punktów, ale rozmiar ikon w tray'u się nie zmienił, bo pasek zadań mam domyślny (duże ikony, grupowanie itp.). Gdy zmieniałem rozmiar paska tytułowego w Viście, wtedy zmieniał się też rozmiar ikon w tray'u.