MBR to master boot record, czyli kawałek kierujący na instrukcje rozruchowe systemu (chociaż teraz widzę że chyba nie tylko - najwyraźniej trzyma ogólnie wszystkie informacje o partycjach na tym dysku, w tym czy dana partycja jest systemowa i bootowalna). Wszystkie
dyski partycje systemowe z jakimi się dotąd spotkałem miały właśnie to, więc i ten wybór bym zalecił, ale z drugiej strony nie kojarzę czym może być GPT..no i widzę że to niekoniecznie ma być dysk systemowy.
Z paru notek znalezionych po sieci na szybko wynika że GPT jest używane raczej w serwerach, więc pewnie i tak lepsze będzie w twoim przypadku MBR
Więcej musiałbyś sam poczytać na Microsoftowym technecie
artykuł o stylach partycji:
http://technet.microsoft.com/pl-pl/library/cc738081(v=WS.10).aspxedit: ale głupot nawpisywałem, co znalazłem to się poprawiło, ale radzę jednak zasięgnąć lektury fachowej a na moje wypociny z przymrużeniem oka paczeć